Holzpellet-Heizungen sind fester Bestandteil der Alternativen, die beim Neubau oder einer Sanierung der Heizung mit in Betracht gezogen werden. Um eine Entscheidung zu fällen, gilt es Vergleichskriterien aufzustellen, die dem Nutzer wichtig sind und eine rationale Abwägung ermöglichen. Wird eine wirtschaftliche Entscheidung präferiert, so sind die Anschaffungskosten einer Holzpellet-Heizungen zunächst höher als konventionelle Gas- oder Ölheizungen, jedoch niedriger als die einer Luft-Wasser-Wärmepumpe oder Sole-Wasser-Wärmepumpe mit Erdwärmesonden. Nun gilt es dieser Entscheidungsdimension, die Betriebskosten gegenüber zu stellen. Hier mangelt es nicht an Herstellerangaben zur Technik. Diese jedoch wirtschaftlich zu übersetzen, fällt manchem Laien schwer, obwohl mit einfachen Mitteln die Betriebskostenbilanz gezogen werden kann.
Zu den Anschaffungskosten für Zentralheizungen mit Leistungen von 10 bis 15kW sind Kosten für Lagerbehältnisse, Förder- und Speichertechnik hinzuzurechnen. Inklusive einer fachmännischen Montage ist dann mit 12.000€ (10kW) bis 15.000€ (15kW) zu rechnen. Die Lebensdauer einer Holzpellet-Heizung beträgt etwa 15 Jahre. Dies ist im Vergleich zu einer Erdwärmeheizung zu berücksichtigen, da Erdwärmesonden, die einen Großteil der Kosten verursachen, 30 und mehr Jahre genutzt werden können. Im Vergleich zur Gasheizung lässt sich natürlich der Gasanschluss einsparen. Besonders bei der Heizungssanierung im Altbau sollte der Bezirksschornsteinfeger befragt werden, welche Auflagen gelten und welche baulichen Maßnahmen am Schornstein vorgenommen werden müssen. Vielfach ist ein externer Schornstein aus Edelstahl dann günstiger. Wie bei anderen regenerativen Energien auch, sind Zuschüsse für Holzpellet-Heizungen möglich. Das BAFA (Bundesamt für Wirtschaft und Ausfuhrkontrolle) verwaltet die bundesweit gültigen Gelder.
Wird eine Holzpellets-Heizung als Zentralheizung für ein Einfamilienhaus eingesetzt, so sind im Neubau meist 10kW und im Altbau häufig 15 kW ausreichend. Dementsprechend benötigt man zwischen vier bis sechs Tonnen Holzpellets pro Jahr. Durchschnittlich kostet eine Tonne Holzpellets 200 Euro. Es sollte jedoch in jedem Fall der regionale Händler angerufen werden, da die Preise je nach Region und Anfahrtsweg stark schwanken können. Im Gegensatz zu Gas- oder Ölheizungen und auch Wärmepumpen empfiehlt sich bei Holzpellet-Heizungen der Abschluss eines Wartungsvertrags. Dieser ist häufig mit Kosten von etwa 200 Euro im Jahr verbunden. Darüber hinaus müssen Holzpellet-Heizungen häufiger gekehrt werden. Meistens reicht eine viermalige Kehrung aus. Zudem sollte geprüft werden, ob eine Messpflichtigkeit besteht, die oftmals ab 15kW Leistung gilt. Dies ist in den Kosten für den Schornsteinfeger zu berücksichtigen.
